La Institución Educativa Juan XXIII tiene como principios en su ser los siguientes:
RESPONSABILIDAD. La comunidad educativa tiene el compromiso de planificar e implementar actividades que conlleven a la formación integral del educando.
COMUNICACIÓN. El proceso educativo llevado a cabo en la institución debe promover la creación de ambientes eficientes de comunicación utilizando un lenguaje apropiado y consensuado entre los miembros de la comunidad educativa.
UNANIMIDAD. Los actores del proceso educativo en la institución deben actuar en forma consensuada atendiendo a principios universales más no individuales y validados desde argumentos razonables.
RESPETO. Todo punto de vista debe ser respetado y las decisiones deben ser construidas.
SENTIDO DE PERTENENCIA. Cada uno de los integrantes de la comunidad educativa debe sentir como propia la institución procurando el bienestar general.
ORGANIZACIÓN. Las acciones realizadas en la institución deben ser coordinadas permitiendo la interacción y aceptación mutua de los miembros de la comunidad educativa.
ESPIRITUALIDAD. La Institución Educativa debe educar en la espiritualidad y en el amor a Dios, a sus semejantes, a sí mismo y todo cuanto lo rodea, sin distinción de credo o religión.
